主要有：一是对本级各部门（含直属单位）和下级政府违反预算的行为或者其他违反国家规定的财政收支行为，区别情况采取责令限期缴纳应当上缴的款项、责令限期退还被侵占的国有资产、责令限期退还违法所得、责令按照国家统一会计制度的有关规定进行处理等处理措施；二是对被审计单位违反国家规定的财务收支行为，区别情况采取前述违反财政收支行为规定的处理措施，并可以依法给予处罚；三是对被审计单位违反国家规定的财政收支、财务收支行为，审计机关可提出给予处分的建议；四是对被审计单位的财政收支、财务收支违反法律、行政法规的规定，构成犯罪的，依法追究刑事责任。